Stan bazy badawczej Europejskiego Centrum Bioinformatyki i Genomiki

Podstawowym zadaniem ECBiG jest prowadzenie badań podstawowych w zakresie genomiki strukturalnej, genomiki funkcjonalnej i proteomiki, rozwój i wdrażanie nowych oraz już istniejących metod badawczych, praktyczne wykorzystanie uzyskanych wyników w medycynie, biotechnologii oraz rolnictwie. Obecnie w ramach ECBiG prowadzone są prace dotyczące następujących problemów: (i) projektowania, produkcji i praktycznego wykorzystania mikromacierzy DNA i RNA; (ii) zastosowania mikromacierzy DNA oraz technologii RNAi w badaniach genomu ludzkiego oraz wybranych genomów roślinnych; (iii) zastosowania metod bioinformatycznych w analizie genomów; (iv) opracowania programów komputerowych umożliwiających projektowanie i analizę mikromacierzy DNA i RNA; (v) identyfikacji nowych regulatorowych RNA, a szczególnie mikroRNA; (vi) masowej identyfikacji i analizy białek; (vii) terapeutycznego wykorzystania technologii RNAi (siRNA, mikroRNA); (vii) zastosowania spektrometrii mas do analizy wpływu ekspresji wybranych genów na akumulację metabolitów wtórnych i inne.

Idea stworzenia centrum łączącego badania genomiczne i bioinformatyczne, jest konsekwentnie realizowana już od kilku lat. Dzięki grantom wspólnie zdobytym przez IChB PAN oraz PP została zakupiona część sprzętu niezbędnego dla zainicjowania działalności Europejskiego Centrum Bioinfomatyki i Genomiki. Szczególnie cennym osiągnięciem organizacyjnym było skompletowanie prawie pełnego zestawu urządzeń i programów komputerowych potrzebnych do samodzielnego projektowania, wytwarzania i analizy mikromacierzy DNA o łącznej wartości około 1,5 mln zł, systemu do rozdziału i analizy białek metodą elektroforezy dwukierunkowej oraz zestawu aparatów umożliwiających analizę wpływu ekspresji wybranych genów lub transgenów na metabolizm komórkowy (chromatograf cieczowy, chromatograf gazowy, spektrometr mas typu MALDI TOF wraz z reflektronem, zwiększającym rozdzielczość pomiaru), o wartości około 3,5 mln zł. Coraz szerszy zakres badań Centrum oraz olbrzymie zainteresowanie współpracą ze strony licznych ośrodków badawczych w Polsce i za granicą wiążą się jednak z koniecznością jeszcze większego zacieśnienia współpracy biologów z bioinformatykami, jak również dokonania dalszych istotnych inwestycji aparaturowych – wymiany przestarzałej aparatury i na nową o wiekszej funkcjonalności oraz zakupowi nowych urządzeń aparaturowych. Temu to zagadnieniu poświęcony został niniejszy wniosek.

Poza inwestycjami aparaturowymi przedmiotem niniejszego wniosku jest przeniesienie użytkowanej obecnie aparatury do nowych laboratoriów ECBiG. Skupienie całej ścieżki badań genomicznych w jednym miejscu oraz możliwość wspólnego powiązania wszystkich poziomów badań (strukturalnych, funkcjonalnych i proteomicznych) poprzez bezpośredni przekaz informacji do laboratorium bioinformatycznego przyczyni się do wzrostu efektywności kadry ECBiG oraz zwiększenia zakresu możliwości badawczych Centrum i jego oddziaływania na otoczenie społeczno-gospodarcze (firmy, inne placówki naukowo-badawcze etc.).